Современные образовательные программы высшего образования реализуются в открытой и динамичной среде, а их успешность во многом зависит от достижения консенсуса между образовательной организацией и рынком труда. В условиях многополярных требований, предъявляемых разными группами стейкхолдеров к форматам и содержанию образования, университеты все чаще выбирают сетевую форму реализации программ как наиболее действенный способ достичь консенсуса и обеспечить высокое качество образования. Сетевая программа отличается от традиционной не только форматом учебного процесса – она представляет собой сложную и открытую систему. Эффективное управление такой неклассической системой может обеспечить синергетический подход, позволяющий учесть не только линейные связи по типу «причина – следствие», но и нелинейные процессы самоорганизации, характерные для сложных социальных систем. Поэтому рассматриваемая в статье проблема применения синергетического подхода к управлению сетевыми программами представляется нам актуальной. Целью исследования является разработка модели управления сетевой образовательной программой, базирующейся на основных принципах синергетического подхода. Синергетический подход определен в качестве методологического базиса системы управления сложными образовательными программами высшего образования. Перенос данного подхода из области естественных наук в область социально-гуманитарного знания требует не только серьезного осмысления, но и адаптации принципов синергетики к иной, более гибкой и многогранной реальности образовательного процесса. В результате исследования сетевая программа рассмотрена нами как сложный образовательный феномен, характерными чертами которого являются открытость, иерархичность, нелинейность и динамичность. В основу построения новой методологии управления сетевой программой положены основные принципы синергетики, адаптированные нами к особенностям системы образования. Основным результатом исследования является структурно-функциональная модель управления сетевой образовательной программой, которая позволила объединить уровни (федеральный, региональный и университетский), объекты (содержание образования, образовательный процесс, качество образования, ресурсы и контингент) и функции управления. Теоретическая значимость исследования состоит в применении синергетического подхода к новому типу объекта – сетевой образовательной программе – и разработке на этой основе авторской модели управления такой программой. Практическая значимость исследования заключается в возможностях использования разработанной модели в практике управления системой высшего образования.