Актуальность исследования обусловлена необходимостью формирования системного подхода к управлению качеством образования на уровне образовательных программ в условиях меняющихся требований рынка труда. Необходимость обеспечения соответствия подготовки выпускников запросам работодателей требует разработки нормативных, организационных и методических аспектов оценки эффективности образовательных процессов. Цель работы – апробация модели оценки качества, анализ статистических данных и выявление сильных и слабых сторон биоинженерной программы подготовки магистров. Подход к организации модели включает разработку критериев, отражающих не только набор требований для аккредитации программы, но и анализ академических достижений студентов, позволяющих решать междисциплинарные задачи, адаптироваться к динамичным требованиям в профессиональной деятельности. В исследовании применен комплекс методов: анализ нормативной базы ФГОС и СУОС, предъявляемых вузом для открытия программы; систематизация накопленного опыта оценки образовательных программ; педагогическое моделирование и проектирование организационно-методических механизмов обеспечения междисциплинарности и практикоориентированности образования, инновационного развития университета; аналитическая работа с данными ежегодного мониторинга качества подготовки выпускников. Результаты исследования подтвердили, что модель обеспечивает оценку эффективности программы: на оперативном уровне – через мониторинг успеваемости и вовлеченности в проектную деятельность; на стратегическом – через анализ трудоустройства и профессиональной адаптации выпускников. Выявлены зоны роста: необходимость усиления модулей по междисциплинарному проектированию и расширения партнерств с предприятиями. Теоретическая значимость работы заключается в развитии методологии управления качеством образования за счет интеграции квалиметрических и статистических инструментов, что расширяет возможности прогнозирования долгосрочных эффектов образовательных программ. Практическая ценность состоит в разработке алгоритма внедрения системы оценки, учитывающей специфическую направленность программы, определяемую материально-технической базой университетов и потребностями отрасли. Результаты апробации модели могут быть масштабированы на другие инженерные направления, использованы для корректировки программы с целью повышения компетентности выпускников в использовании цифровых технологий и усилении сотрудничества вуза с предприятиями области.