Актуальность исследования обусловлена необходимостью преодоления разрыва между теоретической подготовкой биомедицинских инженеров и практическими требованиями современной цифровой медицины. Стремительное развитие таких областей, как компьютерная томография, 3D-визуализация и аддитивное производство, а также конкретный запрос медицинской индустрии на специалистов, способных выполнять полный цикл создания персонализированных биомедицинских моделей, делают критически важным формирование у обучающихся комплексных навыков обработки медицинских данных, алгоритмизации и трехмерного моделирования. Реализация междисциплинарных проектов, имитирующих сквозные технологические процессы, рассматривается как действенный педагогический инструмент для формирования этих практико-ориентированных компетенций в рамках инженерного образования. Цель работы – обосновать и эмпирически проверить педагогическую эффективность метода проектного обучения в формировании междисциплинарных профессиональных компетенций у магистрантов технических направлений на примере разработки цифровой 3D-модели биомедицинского объекта. На примере сквозного проекта по созданию 3D-модели слепка зубного ряда на основе данных метода компьютерной томографии авторы анализируют, как подобная практика позволяет интегрировать знания из областей медицинской визуализации, алгоритмизации, математического моделирования и цифрового производства, формируя у студентов комплексные навыки для решения реальных задач на стыке техники и медицины. Установлена и эмпирически подтверждена педагогическая эффективность предложенной методики. Реализация курса показала, что проектный подход способствует не только усвоению предметных знаний, но и целенаправленному формированию у магистрантов ключевых междисциплинарных компетенций: алгоритмического мышления, навыков работы с медицинскими данными, пространственного моделирования и понимания сквозных инженерных процессов. Теоретическая значимость работы заключается в конкретизации принципов проектного подхода применительно к области биотехнических систем, что вносит вклад в педагогику инженерного образования, особенно в аспекте интеграции математического моделирования, обработки медицинских данных и цифрового производства в единый образовательный контур. Практическая значимость подтверждается успешной реализацией проекта, в ходе которой студенты освоили полный цикл разработки: обработку DICOM-изображений, синтез алгоритма трехмерной реконструкции и экспорт в STL-формат для 3D-печати. Разработанная методика может быть тиражирована для подготовки специалистов на стыке инженерии и медицины.